依托上海总院优质医疗资源，厦门市儿童医院学科水平迅速提升，屡屡问鼎塔尖技术，多项技术填补省内空白，部分技术国内领先，基本达到三级甲等儿童专科医院的学科规模和水平。

医院积极开展ECMO救治、小儿胃镜肠镜技术、小儿纤支镜检查、新生儿食道闭锁等高难度手术，以及PICU和NICU机械通气、NICU换血技术和亚低温治疗、一氧化氮吸入等技术。其中，先天性食道闭锁腔镜手术、胆道手术、GMs评估技术、早产儿救治技术都达到了国内一流水平。厦门市儿童医院已获批成为新生儿重点实验室、新生儿早产儿优势亚专科、厦门市新生儿质控中心、国家先天性结构畸形救助项目定点医疗机构、厦门市先心筛查项目办公室、全国儿童恶性肿瘤(实体肿瘤)诊疗协作组牵头单位。该院新生儿救治水平不断突破，成功救治出生胎龄23周+5天、470克的“巴掌宝宝”和510克的肠穿孔早产儿。应用ECMO技术成功救治2.5千克危重新生儿，是福建省使用ECMO抢救成功的最轻体重患儿。

学科发展离不开高素质的人才队伍。厦门市儿童医院努力培养厦门本地儿科人才队伍，目前已有100名住院医师、14名专科医师到上海进行2-3年培训结业并回厦服务。医院还充分利用总院专家来厦工作时机，安排业务骨干作为专家工作助理“拜师学艺”，并分批选派各专业骨干赴上海总院进修。